Uma maneira bem fácil é usar ssh-keyscan. Este comando solicitará chaves do servidor remoto. Por exemplo, se eu quisesse as chaves de host rsa, ecdsa e ed25519 de demo.example.org, eu poderia usar este comando.
$ ssh-keyscan -t rsa,ecdsa,ed25519 demo.example.org
# demo.example.org:22 SSH-2.0-OpenSSH_7.4p1 Debian-10+deb9u4
demo.example.org ecdsa-sha2-nistp256 AAAAE2VjZHNhLXNoYTItbmlzdHAyNTYAAAAIbmlzdHAyNTYAAABBBP6LHP2MDkPBtfBF546K9ZlPtJYVF3MMMn0ZMWEY6fkiAR+CPTfPo2l31qHMEJ0g1TT4MM0WBp8/okeBLlkgkhQ=
# demo.example.org:22 SSH-2.0-OpenSSH_7.4p1 Debian-10+deb9u4
demo.example.org ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDAuVatNRkjLPQOqXF9sVJOgfzKcfVJUlaFv6vfw1sBcxujRnLy0GInn0HxraXxm60dZWlkIyjhzp7CFWK9PNJ/q2NrhPa1NcWLQ4zbandj4whXYXNdysY0LSQzefrXUiEHCIk1lmBuNx59tzAS0I5S6IYH6S72g+g16HNcaJ8SEJnmFpVu5nKzhNVZls47tM+MCVjMZ92xgWkziFgnDqarfxRgL8ZKgnwQ5jPaltNf73qamAuGsMnvR8VfNpeT3QFH2MzYO/um1HYMhiUMKJfL6S4hG0rIFbF4riXnav7XPWpBVRNtLdT2w2z996wxhrvBxNLQAKK2d6jUOHWC+7x7
# demo.example.org:22 SSH-2.0-OpenSSH_7.4p1 Debian-10+deb9u4
demo.example.org ssh-ed25519 AAAAC3NzaC1lZDI1NTE5AAAAINEGDaHtAIq+r98FqHL6ERuZ8ZcGyNyu3iW0XOskqQbh
Se você quisesse as versões com hash e quisesse anexá-las ao seu known_hosts, você poderia usar um comando como este.
ssh-keyscan -t rsa,ecdsa,ed25519 -H demo.example.org 2>/dev/null >> .ssh/known_hosts