Acho que você precisa criar regras individuais para as duas NICs. Eu tentaria algo assim:
$ sudo iptables -A PREROUTING -t nat -i eth0 -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 8080
$ sudo iptables -A PREROUTING -t nat -i eth1 -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 8080
$ sudo iptables -A PREROUTING -t nat -i eth0 -p tcp --dport 443 -j REDIRECT --to-port 8443
$ sudo iptables -A PREROUTING -t nat -i eth1 -p tcp --dport 443 -j REDIRECT --to-port 8443