We currently have two sites. It appears that only one DC is being used to do replication between the sites. Is this normal?
Sim, é normal. O ISTG cria uma topologia de replicação sem loop e de menor custo entre sites. Se houvesse conexões entre cada CD e todos os outros CDs entre sites, você teria um loop de replicação.
Um DC em cada site é selecionado automaticamente como o servidor bridgehead para esse site e gerencia a replicação entre o site e outros sites (dependendo da configuração do link do site). Se o servidor bridgehead selecionado ficar indisponível, outro DC nesse site será selecionado como o servidor bridgehead para esse site. Se você selecionar manualmente um servidor bridgehead e esse servidor bridgehead ficar indisponível, a replicação entre esse site e outros sites será interrompida.
Quanto aos links de replicação criados manualmente, é melhor deixar o KCC e o ISTG criá-los. Você e eu não somos mais espertos do que o KCC / ISTG. Deixe-os fazer o trabalho que pretendiam fazer. Você pode excluir com segurança a conexão criada manualmente e o KCC (site interno) ou ISTG (entre sites) os criará conforme necessário, em aproximadamente 15 minutos.