Uma rápida olhada no Gerenciador de Configurações CompizConfig (CCSM) sugere que isso não é possível para o switcher Unity padrão. Não vejo nenhuma configuração relacionada ao tempo limite, por isso receio que a resposta simples seja "não", a menos que alguém possa informá-lo sobre configurações ocultas em algum lugar.
O que você pode fazer é mudar para um alternador alternativo. No CCSM, você pode desativar o alternador Unity e substituí-lo por, por exemplo, o código%. Esse permite que você defina o Static Application Switcher , que permite ocultar a lista de janelas durante os primeiros X segundos. Eu deixei no valor padrão de Popup Window Delay , que é alto o suficiente para o popup não aparecer se eu souber onde a janela que eu quero é, mas baixa o suficiente para mostrar o pop-up se eu não souber onde encontrar essa janela.
Lembre-se de que esse alternador alternativo não parece tão bonito quanto o alternador padrão. No entanto, ele oferece várias outras funções (por exemplo, essa permite que você clique na janela para a qual deseja alternar). Lembre-se também que o CCSM pode ser um programa perigoso e pode quebrar o Compiz se você selecionar a janela errada.
Se você quiser, posso fazer upload de uma captura de tela, é só me avisar:)