Você precisa configurar os Servidores de Nomes no GoDaddy para usar o Route 53.
Faça login na sua conta do GoDaddy. Selecione Domínios e selecione seu nome de domínio.
Para suas configurações, clique em Gerenciar em Nameservers. Em seguida, substitua os quatro servidores de nomes pelos servidores de nomes do Route 53.
Quando isso estiver concluído, você precisará aguardar cerca de 24 horas para que o TTL nos servidores de nomes seja esgotado e seja atualizado globalmente.