Seu php_admin_value[session.save_path] deve ser relativo ao caminho chroot. (Depois do chroot, ele só precisará aparecer como /tmp ). No momento, ele está procurando por esse valor dentro da raiz do processo, o que resulta na procura de um "caminho real" de /home/project/customers/john/home/project/customers/john/tmp , que é improvável que exista.