A resposta é que o fail2ban não cria essas cadeias até que tenha uma entrada para colocar em uma cadeia. Daí porque as correntes não existem.
Depois de instalar o fail2ban 0.10, cerca de um dia depois, vi meu primeiro banimento no ipv6 e, de fato, criei a cadeia naquele momento.
É bom saber, só tem que ser um pouco paciente!