Depende de qual é o MRU dos sistemas: qual é o tamanho máximo de quadro que os sistemas podem receber. Não há como sinalizar MTU e MRU em ethernet, portanto, se um sistema enviar quadros maiores do que o outro sistema pode receber, os quadros serão perdidos. E se não se perder, ainda pode causar situações estranhas quando um sistema recebe pacotes maiores do que pode enviar.
Isso não é específico para o IPv6, pois é um problema da camada 2. O mesmo acontecerá com qualquer protocolo da camada 3. Portanto, é geralmente recomendado usar o mesmo MTU em todos os sistemas em uma rede ethernet, a menos que você saiba o que está fazendo.