O CentOS não se importa com a mídia de origem da qual você está lendo seus backups, desde que possa lê-lo.
Parece que vou reinstalar o CentOS 7 em um servidor neste fim de semana.
A instalação original não tinha a unidade criptografada e precisa ser feita. Meu entendimento é que isso exigirá uma reformatação, portanto, seria feito backup com rsync para uma unidade USB e restauração após a nova instalação e a unidade sendo criptografada.
Isso é permitido? Apenas não tinha certeza se o CentOS permitiria um back-up completo de um sistema de arquivos não criptografado para ser restaurado para um sistema criptografado.