Se você usa um sistema de arquivos criptografados, é necessário ter uma senha para desbloquear o conteúdo do disco rígido ao montar o sistema de arquivos. Sem a senha, os arquivos não podem ser acessados.
No entanto, se o sistema de arquivos já estiver montado (acessível), todos os arquivos poderão ser usados normalmente.
Para criptografar um único arquivo (seu backup), você precisa usar um software como o OpenPGP.
Você precisa ter cuidado para não ter nenhuma versão não criptografada armazenada no disco, pois é relativamente fácil ler o conteúdo de arquivos excluídos do disco rígido.