Infelizmente, a resposta para isso é que isso não pode ser feito. Aqui está o que acabei fazendo:
- Inicie o novo EC2 com uma AMI de mercado útil que inclua o Mongo (pesquise por 'ami-effab6df' em AMIs da comunidade)
- Adicione 'nssize = 2000' ao /etc/mongod.conf (para a versão 2.6 não é camel cased)
- Adicionado servidor recém-criado como um conjunto de réplicas
- Uma vez que os dados começaram a ser sincronizados sobre o arquivo .ns no novo servidor, na verdade, era de 2 GB, então não preciso mais me preocupar em atingir o limite de namespace.
Espero que isso ajude alguém no futuro, mas pelo que ouvi, eles mudaram como isso funciona na versão 3.x, então não tenho certeza se as pessoas terão que lidar com isso daqui para frente.