Você pode usar as seguintes ebextensions
$ cat .ebextensions/ec2-security-group.config
option_settings:
aws:autoscaling:launchconfiguration:
SecurityGroups: sg-1234567
Lista os grupos de segurança do Amazon EC2 para atribuir às instâncias do EC2 no grupo Auto Scaling para definir regras de firewall para as instâncias.
You can provide a single string of comma-separated values that contain the name of existing Amazon EC2 security groups or references to AWS::EC2::SecurityGroup resources created in the template. If you use Amazon VPC with Elastic Beanstalk so that your instances are launched within a virtual private cloud (VPC), specify security group IDs instead of a security group name.
Você também pode modificar o recurso do AWSEBSecurityGroup por meio do modelo cloudformation