Isso deve começar. É difícil testar sem os detalhes solicitados pelo @Zordache.
$olddomain ="billybob.com"
$newdomain = "newdomainname.com"
$Users = Get-ADUser -Filter "*" -SearchBase 'OU=test,DC=adDomain,DC=org' -Properties customattribute
ForEach-Object {
$user = $_
$fullAttribute = ($user.customattribute).tostring()
$newattr = $fullAttribute.replace $olddomain $newdomain
$user.customattribute=$newattr
Set-ADUser -instance $user
}