Um relatório de erros para systemd deu a solução. É preciso criar ou atualizar /etc/systemd/system/[email protected]/ulimit.conf e adicionar LimitNOFILE=infinity na seção [Service] :
mkdir -p /etc/systemd/system/[email protected]/
cat <<'EOF' >/etc/systemd/system/[email protected]/ulimit.conf
[Service]
LimitNOFILE=infinity
EOF
systemctl daemon-reload
systemctl stop systemd-nspawn@CONTAINER
systemctl start systemd-nspawn@CONTAINER