Os sistemas Linux geralmente não executam código de um pendrive quando são conectados. Assim, copiar coisas dele deve ser seguro.
Tenha em mente que os arquivos copiados podem conter códigos maliciosos. Por exemplo, algum mal-script java dentro de um arquivo html ou um mal-script de escritório dentro de seus documentos palavra / escritorio-aberto. Isso significa que você deve ter cuidado com esses arquivos - não abra esses arquivos com programas conhecidos por executar códigos de script incorporados.
Bem, e não execute diretamente executáveis binários que são copiados daquele bastão.