Como este é um trabalho que é uma função do sistema, eu diria que use um crontab do sistema. Quanto a qual, eu não acho que há realmente qualquer distinção e eu não vi nenhuma direção, mesmo o FSH tem pouco a dizer. Em um sistema CentOS 7 eu tenho que entregar man crontab (5) diz
Jobs in /etc/cron.d/
The jobs in cron.d and /etc/crontab are system jobs, which are used usually for more than one user, thus, additionaly the username is needed. MAILTO on the first line is optional.
Eu usaria /etc/cron.d