Se eu entendi corretamente, você está perguntando se há uma maneira de fazer upload de um arquivo para um bucket do S3 por meio da pilha do CloudFormation que cria o bucket. Então a resposta é sim, mas não é simples nem direta.
Existem duas maneiras de conseguir isso.
1) Crie uma instância do EC2 que carregue o arquivo na inicialização. Você provavelmente não deseja iniciar uma instância do EC2 e deixá-la em execução apenas para enviar um único arquivo, mas funcionaria.
2) Use um recurso personalizado suportado pelo Lambda. Consulte o link para obter informações sobre recursos personalizados. No CloudFormation, você pode criar a própria função do Lambda e criar um recurso personalizado com base nessa função do Lambda. Quando o recurso personalizado é criado, a função do Lambda seria chamada e você poderia usar essa chamada de função para carregar o arquivo.
Note que ambas as abordagens também exigiriam a criação de uma função do IAM para conceder as permissões necessárias para executar o upload do S3.