Sou um cliente Hetzner e já tive duas vezes o mesmo problema ao usar a imagem padrão do Ubuntu 16 LTS um novo servidor. Quando tento fazer o download de pacotes, ele é incrivelmente lento e geralmente fica esperando por 10s em minutos em um único pacote.
Eu "resolvi" esse problema forçando o IPv4, mas não entendo onde está o problema. Até agora, o suporte da Hetzner não conseguiu resolver esse problema.
echo 'Acquire::ForceIPv4 "true";' | sudo tee /etc/apt/apt.conf.d/99force-ipv4
Isso é um problema no meu próprio servidor ou em algum lugar na infraestrutura de rede da Hetzner?
As solicitações para os espelhos Hetzner são OK, mas os servidores externos estão demorando muito para serem concluídos, por exemplo: ele está pendente de pedidos para ubuntu.com
Get:14 http://apt.postgresql.org/pub/repos/apt xenial-pgdg/main amd64 Packages [58.8
kB]Get:15 http://apt.postgresql.org/pub/repos/apt xenial-pgdg/main i386 Packages [58.6
kB]0% [Connecting to security.ubuntu.com (2001:67c:1560:8001::14)]
Posso confirmar que isso provavelmente tem algo a ver com a infraestrutura de rede deles.
Eu não consegui fazer solicitações adequadas para os hetzner espelhados com o IPv6 sem rastrear ou não funcionar completamente.
Forçar o IPv4 como você listou parece ter "consertado" isso para mim também.