Tente usar <VirtualHost *:80> na sua configuração jira virtualhost.
A correspondência de Virtualhost é sensível à ordem, portanto, se um <VirtualHost *:80> vier antes de um <VirtualHost jira:80> , o segundo nunca será igual. Isso também é verdadeiro se você estiver usando vários arquivos conf.d/*.conf distintos, pois o apache carrega esses arquivos em ordem alfabética.
Do seu exemplo, pode-se supor que você usaria arquivos com o nome conf.d/dualhost.conf e conf.d/jira.conf . Como dualhost vem em ordem alfabética antes de jira , o segundo nunca corresponderia.