Nautilus é o seu navegador de arquivos gráficos. "Arquivos" e "Home" no HUD lançam o Nautilus na minha pasta Home em 12.04. Não lembro desse comportamento em 11,10, mas nunca prestei muita atenção a ele no HUD, preferindo lançá-lo no Launcher ou em uma linha de comando.
Não importa como você o lança, ainda é o Nautilus o navegador de arquivos. Muito parecido com o Windows Explorer (não o Internet Explorer) foi o navegador de arquivos para o Windows se você lançou o Explorer ou clicou em Computador no menu. Para verificar se ainda é o mesmo Nautilus, não importa como você o inicia, basta clicar em HELP e selecionar ABOUT .
Quando você iniciar o Nautilus da maneira que preferir, poderá reverter para todo o Sistema de Arquivos clicando em Sistema de Arquivos no menu Computador, à esquerda.