A resposta de Castrohenge me colocou no caminho certo, mas eu preferi passar a opção '-NoShutdown' para SysprepInstance.ps1 para alcançar o mesmo objetivo.
C:\ProgramData\Amazon\EC2-Windows\Launch\Scripts\SysprepInstance.ps1 -NoShutdown
Lembre-se também de que os recursos que exigem reinicialização podem bloquear o sysprep e não serão relatados ao empacotador. Para resolver isso, basta usar o provisionador ' reiniciar ' no empacotador antes do sysprep.