Não há atualmente nenhuma opção para executar uma instalação principal no Azure.
Nas versões anteriores, isso significava que você precisava desinstalar os recursos da GUI depois de configurar sua VM.
No entanto, o servidor 2016 infelizmente removeu esse recurso .
Assim, para o servidor 2016, parece que você está preso à versão da GUI.
Você sempre pode abrir um ticket de feedback para o azure. E solicite a adição de uma versão principal.
No entanto, isso foi feito para a versão de 2012 e não conseguiu atenção suficiente para ser considerado.