Claro, a solução é criar um único "Transit VPC", que tem o peering configurado com todos os seus outros VPCs. Você se conecta a esse VPC de trânsito uma vez via VPN e pode definir as regras de roteamento e firewall de acordo com o local em que deseja permitir ou restringir o tráfego.
Na verdade, a própria AWS blogou sobre esse apenas alguns meses atrás .