Correu para o mesmo problema em uma configuração do PHP7.1 / IIS8.5 / Win8.1 . Com vários sites, apenas um funcionaria. Acessar qualquer um dos outros ou até mesmo a visualização padrão phpinfo lançaria
HTTP Error 500.0 - Internal Server Error
C:\php7\php-cgi.exe - The FastCGI process exited unexpectedly
Module FastCgiModule
Notification ExecuteRequestHandler
Handler php-7.1.1
Error Code 0x000000ff
Eventualmente, só seria possível resolvê-lo mudando as identidades do Pool de Aplicativos para o LocalSystem . Mesmo concedendo IIS_IUSRS e IIS AppPool \ DefaultAppPool permissões de controle total no site e em pastas PHP não funcionavam.