Quando iniciando sua instância, você pode passar o usuário dados contendo sua configuração inicial (por exemplo, hostname) da seguinte forma:
aws lightsail create-instances --instance-names <value> --availability-zone <value> --blueprint-id <value> --bundle-id <value> --user-data file:///full/path/to/myconfig
O conteúdo do arquivo myconfig deve ser:
#cloud-config
hostname: test-vm