Pelo que entendi, o puppet master --configprint
verifica localmente quais configurações um servidor de marionetes usaria.
Ele não se conecta ao mestre configurado e obtém o valor dele.
Como você não está executando um servidor de marionetes no agente, essa configuração não é relevante.
É simplesmente usar como padrão /etc/puppetlabs/code/environments/production/manifests
quando não está definido.
Mas de qualquer forma não é usado pelo agente.