Descobrimos que o Hypervisor Server foi configurado para usar uma configuração de energia equilibrada. Depois de mudar, vemos que todos os servidores virtuais aumentaram o desempenho.
Também excluímos a verificação dos arquivos vhdx pelo antivírus no Hypervisor Server.
Ainda não tenho certeza se isso também resolve os problemas de nossos clientes, mas avançamos um pouco.
Veja a solução: Melhor prática para desabilitar o SpeedStep para Hosts do Hyper-V?