O Centos corrigiu a vulnerabilidade CVE-2016-2107 na versão do pacote 1.0.1e-48 .el6_8.1 (para Centos 6), que corresponde a RHSA-2016-0996 .
No entanto, você está dizendo que instalou uma versão mais recente do openssl (versão 1.0.2h, que supostamente não é vulnerável a isso). Não está claro como exatamente isso foi instalado e se agora você tem duas versões do openssl lado a lado, possivelmente com algum software construído para um e outro software construído para a outra versão.
Você pode verificar qual versão o Apache realmente usa? Eu estou supondo que se é o Apache httpd empacotado Centos ele ainda estará usando sua biblioteca openssl, enquanto o seu está sentado em algum lugar do lado.