Provavelmente, o que está acontecendo é que você está vendo o tráfego de broadcast do IPv6 na sua sub-rede, de acordo com o que você postou de uma saída do tcpdump aqui:
12:19:41.622297 IP6 (hlim 1, next-header UDP (17) payload length: 112) fe80::a4a0:460b:c99a:c992.dhcpv6-client > ff02::1:2.dhcpv6-server: [udp sum ok] dhcp6 solicit (xid=455863 (elapsed-time 700) (client-ID hwaddr/time type 1 time 495735714 e03f49b54e07) (IA_NA IAID:65027913 T1:0 T2:0) (Client-FQDN) (vendor-class) (option-request vendor-specific-info DNS-server DNS-search-list Client-FQDN))
E de acordo com o que você escreveu em sua pergunta aqui:
Beginning with kernel 2.6.37, it has been changed the meaning of dropped packet count. Before, dropped packets was most likely due to an error. Now, the rx_dropped counter shows statistics for dropped frames because of:
Softnet backlog full -- (Measured from /proc/net/softnet_stat)
Bad / Unintended VLAN tags
Unknown / Unregistered protocols
IPv6 frames when the server is not configured for IPv6
If any frames meet those conditions, they are dropped before the protocol stack and the rx_dropped counter is incremented.
De sua saída e de sua pergunta, parece que você realmente tem o IPv6 desabilitado no servidor.
Isso me leva à conclusão de que os pacotes descartados que você está vendo provavelmente se devem ao tráfego de broadcast do IPv6 de outros hosts na rede.
Para testar isso, você pode reativar o IPv6 e ver se os pacotes descartados desaparecem. Se o fizerem, isso é inofensivo.