A primeira coisa que você deve fazer é instalar o Windows: Durante a instalação, use o CD do Windows para criar uma partição para o Windows e deixe um espaço não particionado / livre para o Linux .
Por exemplo, em um disco rígido de 500 GB, você pode usar 100 GB para uma primeira partição do Windows e deixar 400 GB de espaço não particionado.
De acordo com o que você disse sobre sua placa-mãe, usar o CD do Windows para particionar criará automaticamente uma partição MBR.
Depois que o Windows estiver instalado e funcionando, inicialize com o CD do Ubuntu e use o GParted para criar a partição necessária para receber o Ubuntu.
O Ubuntu (como o Debian), pode ser instalado em ambos os tipos de sistemas de particionamento, GPT e MBR. Portanto, não há problema, basta usar o GParted para adicionar outra partição. Mas preste atenção para não tocar na primeira partição já criada (aquela que você criou durante a instalação do Windows).
Por exemplo, você pode criar um segundo tipo de partição ext3 de 100G para a sua instalação do Ubuntu (deve haver 300GB de espaço não particionado no disco).
E continue com a instalação do Ubuntu. Se você fizer tudo corretamente, você terminará com uma instalação dual boot HD (Windows / Ubuntu). Boa sorte!