Talvez tente fazer o backup de /etc/php5
e, em seguida, faça
sudo apt-get purge php5-common libapache2-mod-php5 php5-mysql
Isso removerá todas as suas configurações desses pacotes. Então, reinstale-os
sudo apt-get install libapache2-mod-php5 php5-mysql
Isso deve colocar novas configurações para esses módulos de volta no lugar. Então você pode comparar o que está lá com o backup de /etc/php5
e, provavelmente, descobrir qual era o problema.