Não, você não pode "copiar" um instantâneo. Criar um instantâneo em uma VM simplesmente adiciona outro arquivo de "disco virtual". O hipervisor interrompe a gravação no arquivo "disk" original e, a partir da criação do instantâneo, ele grava no novo arquivo "disk". Reverter para um instantâneo apenas exclui o arquivo "disco" adicionado.
No seu caso, você precisa fazer uma nova exportação OVA. Um instantâneo não pode ser usado como uma espécie de backup "incremental".