Você só precisa de um desses, mas por razões de legado, o MySQL irá procurar nesses lugares (e alguns outros, alguns deles realmente estranhos, porque é assim que é). Sinta-se à vontade para consolidar.
Eu recentemente configurei um novo servidor web com o Ubuntu 12.04. Notei que existem dois arquivos my.cnf e o MySQL lê com sucesso ambos:
Eu preciso manter os dois arquivos?
Se possível, gostaria de simplesmente mesclar as linhas de um my.cnf no outro, tendo assim apenas um my.cnf para gerenciar.
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