Jacob Blain Christen tem um bom artigo sobre este mesmo problema. Resumindo: inicie o daemon do docker com uma referência ao cluster do cônsul ainda não existente e, em seguida, inicie o consul via janela de encaixe. Citação:
Fortunately, the Docker daemon will happily retry to connect to the cluster-store aka the KVS every so often, this gives us time to underlay it via Docker Compose.
Espero que isso ajude.