como é incluído em fontes apache, IMO a maneira mais fácil é ir para o diretório de fontes que você usou, reconfigurá-lo adicionando mod_proxy e, em seguida, fazer a instalação. Ele não sobrescreve seus arquivos de configuração.
Certifique-se de fazer um make clean
antes de recompilar
Como um sidenote, sugiro que você ative todos os módulos como compartilhados.
Outro método quando você está usando módulos de árvore é usando apxs que você pode encontrar em seu diretório de instalação, mas no seu caso parece mais fácil recompilar /