Eu não tenho muita experiência com o Hyper-V em 2012 R2, mas tenho bastante com o Hyper-V, Clusters etc. em 2008 R2, então vamos adivinhar o possível problema aqui.
Descobri que, com o Cluster de Failover (em 2008 R2), quando você adiciona uma VM a um cluster de failover, ele inspeciona os VHDs conectados e o armazenamento em que eles residem e registra isso no cluster config para que possam ser mostrados como recursos dependentes no Gerenciador de Cluster de Failover (no painel Armazenamento quando a VM é selecionada).
Isso não reflete necessariamente o local atual dos arquivos VHD - se eles foram movidos no Hyper-V desde a adição da VM ao cluster de failover, as informações de dependência não são atualizadas. Então você pode ter uma VM que pode acessar seus discos muito bem, mas o cluster de failover acha que ainda tem uma dependência no disco que você está removendo. Quando você off-line o disco, ele offlines a VM como uma conseqüência lógica. Para resolver (supondo que esse seja o problema - dê uma olhada no painel de armazenamento da VM no FCM), remova a VM do cluster e a adicione novamente.
A propósito, como prática recomendada, eu geralmente não começaria a derrubar nenhuma conexão iSCSI antes de você ter removido o CSV do FCM.