A coisa a lembrar é que quando você cria uma zona, você não está criando uma entrada em um banco de dados existente.
Na verdade, você está criando um novo banco de dados, como dito na documentação : A zone starts as a storage database for a single Domain Name System (DNS) domain name.
Quando você cria uma nova entrada, o servidor DNS verifica se existe um banco de dados de armazenamento relevante. No seu caso, existia um banco de dados relevante, todo vazio e inativo.
O servidor DNS reativa o banco de dados e coloca sua nova entrada lá.
Por que isso acontece, eu acho que você teria que perguntar à Microsoft.