O motivo pelo qual você está tendo esse problema é que libapache2-modsecurity não inclui em sua lista os arquivos removidos para que eles apareçam novamente. É necessário reinstalar o recomendado pacote modsecurity-crs, que provavelmente está instalado agora para que você possa reinstalá-lo usando o seguinte comando.
# apt-get install --reinstall modsecurity-crs
Na próxima vez, a fim de ter uma pista sobre a lista de arquivos de um pacote, você pode verificar on-line através de link ou usando a ferramenta dpkg se o pacote estiver instalado.
$ dpkg -L modsecurity-crs