Na minha experiência, as atualizações de RH criarão arquivos se elas não existirem, mas não as substituirão se o fizerem.
Nos meus servidores, se eu não quiser usar um arquivo padrão, em vez de removê-lo, truncá-lo para comprimento zero e, em seguida, atualizá-lo, não o toque:
[me@lory ~]$ ls -la /etc/httpd/conf.d/
[...]
-r--r--r--. 1 root root 0 May 31 2009 wordpress.conf
-rw-r--r--. 1 root root 491 Feb 12 2013 wordpress.conf.rpmnew
Se você quiser ser particularmente gentil consigo mesmo, deixe um comentário no arquivo dizendo por que não o está usando e apontando para o arquivo em que você mantém sua configuração.