Você deve ser capaz de descobrir com que frequência um arquivo PHP específico está sendo chamado, examinando os logs do servidor da web. Existem alguns outros hacks - por exemplo, o uso do Google Analytics (que será menos preciso) ou a atualização de um arquivo / contador (mais recursos intensivos).
Como disse @ ma.tome, monitorar sua utilização lhe dá um bom lugar para começar, e é geralmente útil. Um processo do Mysql rodando a 135% significa que ele usa mais de 1 CPU. (Se você tem 4 CPUs, o total é de 400%). A execução do vmstat fornecerá informações de IO.
Outra coisa a ser feita é começar a registrar tempos de consulta no seu banco de dados. Além disso, verifique seus índices - dependendo do seu aplicativo, se ele já não estiver indexado, você poderá obter grandes aumentos de desempenho criando um índice para nome de usuário em bot_sessions. (Não tenho certeza se nome de usuário ou session_token é a chave primária que você está especificando, pode querer criar um índice no que não é uma chave primária) - de qualquer forma, a cláusula where contém mais do que apenas a chave primária. p>
Além disso, o seu sistema pode estar simplesmente sem memória RAM. veja quanto swap você está usando - e, se necessário, jogue mais RAM no problema ou diminua vm.swappiness.