O problema é que você está personalizando uma instância do Elastic Beanstalk em execução. Não faça isso.
Muitas alterações feitas no aplicativo Elastic Beanstalk terminarão e recriarão sua instância do EC2 com base na imagem da AMI original. É por isso que você está perdendo suas configurações.
Em vez disso, crie uma imagem AMI personalizada com suas configurações personalizadas do IIS e, em seguida, modifique seu aplicativo EB para usar essa imagem personalizada da AMI.
Como regra geral, não modifique suas instâncias do EB diretamente. Não faça RDP neles e faça alterações porque eles serão perdidos quando a instância for finalizada.
Atualizar
Para criar uma imagem personalizada da AMI:
- Encontre a imagem da AMI de origem do seu aplicativo EB. Isso pode ser encontrado nas configurações do EB.
- Inicie sua própria instância com base nessa imagem da AMI que não faz parte do seu aplicativo EB.
- RDP e personalize esta instância.
- Pare a instância e crie uma imagem dela usando
sysprep
. - Atualize seu aplicativo EB para usar essa nova imagem da AMI.