Pode ser um problema do PATH? Aqui está um script de exemplo que executa o comando echo que está no meu $ PATH.
root@kt-wim-play:~# cat test.pl
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
print "PATH=$ENV{PATH}\n";
print "Running a command... [" . 'echo foo bar baz' . "]\n";
root@kt-wim-play:~# perl test.pl
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
Running a command... [foo bar baz
]