Pode ser necessário verificar os arquivos default.list do sistema que controlam os aplicativos padrão para confirmar que eles têm essa linha:
inode/directory=nautilus.desktop
Em vez de "alguma outra coisa" para manipular os diretórios de abertura. Pelo que posso dizer (estou no Linux Mint 13) os arquivos que você pode precisar verificar são:
/etc/gnome/defaults.list
/etc/gnome/defaults.list.dpkg-old
/usr/share/applications/defaults.list
/usr/share/gnome/applications/defaults.list
/usr/share/linuxmint/common/artwork/mime/defaults.list
Tenho notado se eu apenas alterar /etc/gnome/defaults.list ou /usr/share/applications/defaults.list que a alteração não é permanente e será redefinida após a reinicialização.
Eu precisava modificá-los para usar o nemo.desktop em vez do nautilus.desktop (no Mint, eu removi o nautilus porque uso o nemo como gerenciador de arquivos). Quando esses arquivos referenciavam o nautilus.desktop (embora o nautilus fosse removido), eu também tinha o puddletag sendo chamado para abrir uma pasta!