tivemos um problema semelhante em um testmachine após atualizar o nginx de 1.6.3 para 1.8.0. o log de erros do nginx mostrou entradas como
bind() to 0.0.0.0:80 failed (98: Address already in use)
bind() to 0.0.0.0:443 failed (98: Address already in use)
resolvemos isso com
sudo fuser -k 80/tcp
sudo fuser -k 443/tcp
na máquina de produção paramos o nginx antes de atualizar.