Primeiro
Verifique seus atalhos em Configurações do sistema > teclado > atalhos
Segundo
Instale o gconf-editor ( sudo apt-get install gconf-editor ), abra-o (pressione Alt + F2 e digite gconf-editor .
Em seguida, vá para Editar > Encontre e pesquise Ctrl (certifique-se de marcar "Pesquisar também em nomes-chave" e "Pesquisar também em valores-chave")
Terceiro
xbindkeys também causou problemas para os outros, veja aqui .
Você disse que tentou desinstalá-lo, mas você o limpou?
sudo apt-get remove --purge xbindkeys