O EBS está usando o armazenamento em rede para o dispositivo raiz da sua instância do EC2, é fácil criar uma instância e criar uma AMI usando o EBS porque o volume já está disponível fora de sua instância. O EBS também permite um dispositivo raiz maior - maior que 8 GB.
Dispositivos raiz de armazenamento de instância (ou efêmeros) são um pouco mais resilientes, pois não dependem de uma conexão de rede, mas são mais difíceis de criar AMIs para: você deve carregar chaves na máquina empacotada, empacotar o dispositivo raiz , carregue-o no S3 e crie uma AMI usando o bucket S3. Os dispositivos raiz da loja de instâncias geralmente são em torno de 8 GB, o que também pode ser uma desvantagem.
Eu gosto de ficar com a Instância do EC2 de repositório de instâncias como uma preferência pessoal - ocasionalmente, as vezes em que fui mordido pelo EC2, foi em grande parte devido a problemas de EBS.