Se o pacote estiver instalado, ele não será exibido como disponível. Você pode especificar a opção --showduplicates
para ver tudo o que está disponível em um repositório, esteja ele instalado ou não. Eu sugiro comparar a saída do seguinte comando executado em ambos os servidores. Deve ser a mesma saída se ambos os servidores estiverem acessando o mesmo repositório:
yum list available --disablerepo=* --enablerepo=foo --showduplicates