Eu não quero soar paternalista, mas como você afirma, você é um novato e eu recomendo um novato para manter as coisas o mais simples possível e manter os pacotes e capacidades da distro. Eu pessoalmente recomendo contra a execução de várias instâncias do Apache em um servidor, se você precisar desse tipo de segurança, considere coisas como Xen, KVM ou Docker.
Dito isso, trabalho para uma empresa sysadmin e geralmente tentamos permanecer o mais fiel possível a uma distro. Essa é a maneira mais fácil de usar as soluções que um mantenedor já forneceu. Mas eu admito, às vezes, encontrar essas soluções pode ser um pouco um desafio. O Serverfault pode ajudar nisso, embora!