O Hadoop foi projetado para ser executado em hardware bare metal.
Ele pretende gerenciar as alocações de recursos para você.
Outra camada é apenas a sobrecarga que pode ser evitada.
Mas a melhor prática é difícil de dizer, depende de muitos fatores.
Você deve ler o link e tomar sua decisão.
Isso resolve os motivos da execução do Hadoop em um ambiente virtual e explica por que algumas pessoas ainda podem querer fazê-lo.