A string de consulta ( ?page=faq
) não faz parte do URL que é testado no RewriteRule, então você precisa adicionar uma condição separada para testá-lo:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?example\.com$
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^$
RewriteRule ^script-dir/index\.php$ http://example.com/ [R=301,L]
Não sei por que outras páginas seriam redirecionadas.